医疗纠纷的案分为三种：1，医疗服务合同纠纷;2，医疗事故损害赔偿纠纷;3，一般医疗损害赔偿纠纷。三种不同案由适用的法律依次是《合同法》、《医疗事故处理条例》和《民法通则》等法律规定。
很显然，合同纠纷自然要适用《合同法》及相关司法解释、行政法规的规定，对此不具争议;但在医疗侵权纠纷上则争议颇大，如前所述医疗事故损害赔 偿纠纷和医疗损害赔偿纠纷的法律属性相同，都属于侵犯人身权引发的侵权纠纷，本应适用统一的法律规定，然而实践中则形成医疗损害赔偿纠纷适用《民法通则》 和《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，而医疗事故损害赔偿纠纷适用《医疗事故处理条例》及配套的的法规文件的局面。
由于适用《人身损害解释》的赔偿数额远远大于适用《条例》，因此原告大多选择以医疗损害赔偿纠纷为案由提起诉讼，导致《医疗事故处理条例》的边缘化，暴露出允许“医疗事故”和“医疗损害”两种案由并存的弊端。
虽然2003年1月6日最高人民法院下发“关于参照《医疗事故处理条例》审理医疗纠纷民事案件的通知”，试图协调《民法通则》、《人身损害解释》和《医疗事故处理条例》在处理医疗纠纷案件时的法律适用问题，但因为各级层法院内部的意见不一致，无法短时间内达到统一。
为解决这个问题，各省、自治区、直辖市高院都在积极研究和探讨有效解决办法，北京市高院与2005年7月13日率先出台《关于审理医疗损害赔偿 纠纷案件若干问题的意见(试行)》，对诉辩事由、举证责任、医疗鉴定赔偿责任等具体法律问题做出指导性规定” 。最高人民法院正在蕴酿出台关于审理医疗损害赔偿纠纷案件的司法解释.
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