有意逃避的营业税
营业税是高校税收中问题比较集中的一个税种。检查发现主要有两种表现形式，一是对各类技术转让收入既不申报缴纳营业税，也不办理减免手续。某著名大学共取得技术转让费11000万元，本应缴纳营业税550万元，但该校既没有纳税又未办理减免手续，结果受到严肃处理。存有同样问题的，本次检查发现有22所，尤其以理工科院校和综合性大学居多。二是在非学历教育收入上，有意混淆与学历教育的关系，对非学历教育收入只开收据不开发票，不进行申报，此类占本次调查的71%。某学院2002年度取得非学历培训收入227万多元，因未开具发票，少缴了营业税11.3万元。税务机关查获后，不仅予以追缴，还处以5.65万元的罚款和加收滞纳金。南京市税务部门指出，学校的教育劳务要免征营业税，必须符合有关条件，如果各类培训没有资格向学员颁发国家承认的学历证书，就必须到税务机关申报缴纳营业税。
漏网的个人所得税
校园津贴、课时费、超课时津贴、班主任津贴、目标奖、课题费、科研费……如今，要说清楚高校教师的收入门类和状况，实在不是件容易的事了。也正因为这名目繁多的收入构成，为那些逃漏个人所得税的学校找到了一个理由。检查发现，80%以上院校由于少计算了计税收入，使得教师的部分收入成为计税收入的漏网之鱼，最终导致个人所得税代扣代缴不足，仅此一项，累计涉税金额200余万元。
如今，教师“走穴”现象也越来越普遍，他们除在本校有固定收入外，还在本校的继续教育学院或者到外校兼职上课，这些收入因为属于额外之财，故而大都未合并缴纳个人所得税。
陌生的土地使用税
一些学校为逃避营业税，在将其门面房出租取得租金收入后，只开具收据而不开发票，这是本次检查发现的一个共同现象。但与这种逃避房产税相比，更多的则是漏交土地使用税。某所地处闹市区的高校，在校园内外分别有房屋出租，但都没有交纳土地税。结果被税务部门处以补税、罚款、加收滞纳金共计2万多元。据介绍，本次检查中约有80%的纳税人不知道交纳土地税。南京地税局有关人士指出，国家规定，包括大中专院校、中小学校及各类职业学校在内的学校用于教学及科研等的土地，可以免征土地使用税，但如果是将房屋对外出租的，就必须按出租房屋占地面积与房屋所在土地等级进行纳税。
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